Фамилия Бобабеков — редкий пример, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а восточное, тюркское или иранское. Её ядро — личное имя Бобабек, которое состоит из двух частей: «бобо» (уважительное обращение к старшему, деду, предку или святому) и «бек» (титул, господин, князь). Таким образом, имя Бобабек буквально означает «господин-предок» или «уважаемый бек», что указывало на знатное или священное происхождение носителя.

Суффикс -ов делает эту фамилию русской по форме, но не по корню. Такое образование характерно для народов, вошедших в состав Российской империи: в XIX–XX веках при записи в метрики и переписи к тюркским именам часто механически добавляли русский патронимический суффикс. Поэтому фамилия Бобабеков — это, по сути, «сын Бобабека» или «из рода Бобабековых». Географически она тяготеет к регионам с тюркским населением: Средняя Азия (особенно Узбекистан и Таджикистан), Казахстан, а также южные области России и Азербайджан.

Интересна вариативность написания. В дореволюционных документах и в советских паспортах фамилию могли записать как Бабабеков (с буквой «а» в первом слоге), что отражает диалектное произношение: в некоторых тюркских языках «бобо» и «баба» — варианты одного корня. Разница в написании не меняет смысла, но может указывать на конкретный регион происхождения семьи. Например, форма «Бабабеков» чаще встречается у носителей из азербайджанской или турецкой среды, где «баба» — «отец», а «Бобабеков» — у узбеков и таджиков.

О сословной принадлежности первых носителей судить сложно. Имя Бобабек мог носить и потомственный бек (аристократ), и человек, получивший прозвище за мудрость или почтенный возраст. Однако сам факт наличия титула «бек» в основе намекает на то, что предки могли принадлежать к местной знати или духовенству, а не к простым крестьянам. В советское время фамилия полностью утратила сословный оттенок и стала обычной родовой меткой.