Фамилия Бабабеков — яркий пример того, как русский суффикс присоединился к восточному имени. Её основа — составное мужское имя Бабабек, распространённое среди тюркских народов (особенно у азербайджанцев и узбеков). Первая часть, «баба», в тюркских языках означает не просто «отец» или «дед», а уважительное обращение к старшему, наставнику, иногда — к святому. Вторая часть, «бек», — это титул знати, князь, господин. Таким образом, имя Бабабек можно перевести как «почтенный (святой) господин» или «господин-наставник». Фамилия Бабабеков образована по русской модели: к основе добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Бабабека»).

Интересно, что в отличие от многих фамилий на -ов, которые в русской среде часто образовывались от прозвищ или мирских имён, здесь мы имеем дело с готовым антропонимом из другой культуры. Носители фамилии Бабабеков — это, скорее всего, потомки людей, которых звали Бабабек, причём имя это могло быть как личным, так и родовым прозвищем, закрепившимся за целой семьёй. Суффикс -ов, типичный для русских фамилий, указывает на то, что фамилия оформлялась в русскоязычной среде, вероятно, при переписях населения или в документах Российской империи, когда представителям восточных народов давали фамилии по отцу.

Географически фамилия чаще всего встречается в Азербайджане, Узбекистане, а также среди тюркских диаспор в России. Важно не путать её с фамилией Бабаев, которая образована от более простого имени «Баба» (без титула «бек»). Бабабеков — фамилия более редкая и социально маркированная: её основа прямо указывала на высокий статус предка (бека). В советское время титульная часть имени потеряла сословное значение, но фамилия сохранилась как память о происхождении. Никаких других версий, кроме как от личного имени Бабабек, у этой фамилии нет — она прозрачна и однозначна с точки зрения этимологии.