Фамилия Бакабеков — яркий пример того, как русская фамилия строится на тюркской основе. Она образована по стандартной русской патронимической модели: к восточному имени или прозвищу добавили русский суффикс принадлежности -ов. Получается, что Бакабеков — это «сын Бакабека» или «потомок Бакабека».

Корень фамилии — составное тюркское имя Бакабек. Первая часть «Бака» может восходить к тюркскому слову со значением «лягушка» или «жаба». В древних тюркских культурах такие «животные» имена давали не в обиду, а как оберег: считалось, что имя отпугнёт злых духов или сделает ребёнка незаметным для них. Вторая часть — «бек» — означает «господин», «князь», «правитель». Это был титул знати у многих тюркских народов (казахов, киргизов, узбеков, татар и других). Таким образом, имя Бакабек можно перевести как «бек-лягушка» или «князь-оберег» — сочетание высокого титула с защитным, «низким» тотемом.

Фамилия Бакабеков, скорее всего, сформировалась в среде татар, башкир или казахов, которые в XIX–XX веках, переходя в русское подданство и получая паспорта, обрусевали свои имена по русскому образцу. Географически фамилия встречается в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкортостане), а также среди казахских родов, где имя Бакабек известно в родословных. Сословно носители фамилии чаще всего были выходцами из крестьян или казаков, но само наличие компонента «бек» в основе может указывать на то, что предок принадлежал к местной знати, пусть и обедневшей.

В русском языке фамилия Бакабеков — редкая. Её не стоит путать с более частыми Бакаевыми или Бакиными, хотя корни у них общие тюркские. Главная особенность здесь — двусоставная основа, которая сохранила память и о древней магии имён-оберегов, и о степной иерархии.