Фамилия Балкабекова — женская форма фамилии Балкабеков, и её происхождение напрямую связано с тюркской (скорее всего, казахской или киргизской) ономастической традицией. Если разобрать фамилию по составу, то основа «Балкабек» — это сложное имя, которое состоит из двух частей: «балка» и «бек». Слово «бек» в тюркских языках означает «господин», «князь», «правитель», указывая на знатное или военное происхождение. Первая часть, «балка», менее однозначна. Чаще всего её связывают с тюркским словом «бал» — «мёд», «сладкий», что в переносном смысле могло означать «сладкоречивый», «приятный» или «драгоценный». Таким образом, имя Балкабек можно перевести как «сладкий (или драгоценный) господин» или «князь, подобный мёду».

Однако существует и вторая, более прозаичная версия. В некоторых тюркских диалектах «балка» могло быть формой слова «балык» — «рыба». В этом случае Балкабек — это «рыбный князь», то есть прозвище, данное человеку, который занимался рыбной ловлей или жил у воды, но при этом имел высокий статус. Эта версия менее популярна среди ономастов, но имеет право на существование, особенно если учесть, что многие тюркские прозвища были связаны с бытом и природой.

Сама фамилия образована по стандартной для тюркских народов модели: к имени отца (Балкабек) добавляется русский суффикс -ов/-ев, который в XIX–XX веках активно использовался при русификации фамилий в Казахстане и Средней Азии. Окончание -а указывает на принадлежность к женскому роду. Носители фамилии Балкабекова, скорее всего, происходят из семей, где предок носил имя Балкабек, и в какой-то момент (при записи в метрики или советские документы) фамилию оформили по русскому образцу. Географически фамилия чаще всего встречается в Казахстане, Киргизии и среди выходцев из этих регионов, что подтверждает её среднеазиатские корни. В отличие от многих русских фамилий, здесь нет указания на ремесло или сословие в привычном понимании — скорее, это память о личном имени предка, которое подчёркивало его уважаемое положение в обществе.