Фамилия Балдабеков — редкий пример, где исходное имя или прозвище имеет не славянское, а тюркское происхождение. Основа здесь — составное мужское имя Балдабек, которое до сих пор встречается у казахов, киргизов, каракалпаков и некоторых других тюркоязычных народов. Оно складывается из двух частей: «балда» и «бек».

Первая часть, «балда», восходит к тюркскому слову со значением «топор», «секира». В переносном смысле так могли назвать человека крепкого, рубящего сплеча, либо мастера-плотника. Вторая часть — «бек» (или «бий») — это древний титул, означающий «господин», «князь», «вождь». В составе личных имён «бек» указывало на знатное происхождение или на пожелание, чтобы мальчик вырос влиятельным и уважаемым.

Русский суффикс -ов в фамилии Балдабеков — классический способ русификации инородных имён. Когда тюркские народы входили в состав Российской империи, их фамилии часто оформляли по русской модели: к основе добавляли -ов или -ев. Получалось, что Балдабеков буквально означает «потомок Балдабека». Переход от имени к фамилии произошёл, скорее всего, в XIX — начале XX века.

Интересно, что у этой фамилии есть и другой вариант бытования — среди поволжских татар и башкир. У них имя Балдабек тоже встречалось, но могло переосмысляться в народной этимологии: «балда» иногда сближали с татарским «бал» — «мёд», «сладкий». Однако лингвисты считают версию с «топором» более достоверной, так как в древнетюркских антропонимах «балда» фиксируется именно в значении оружия или орудия.

Географически носители фамилии Балдабеков сегодня сосредоточены в Казахстане, Киргизии, а также среди татар и башкир в России. Встречается она и на юге Урала, где исторически жили башкирские роды. Фамилия не относится к числу распространённых, поэтому её обладатели нередко могут проследить свою родословную до конкретного предка-основателя, носившего имя Балдабек.

В социальном плане предки Балдабековых, судя по значению имени, могли быть либо воинами (от «топора» как оружия), либо ремесленниками (плотниками, кузнецами), но обязательно — из уважаемого рода, раз в имени присутствует титул «бек». Двойственность основы даёт простор для семейных преданий: одни семьи подчёркивают воинское прошлое, другие — ремесленные корни.