Фамилия Бобобегов — редкий случай в русской ономастике: её основа не имеет славянских корней, а сама фамилия, скорее всего, образована от тюркского прозвища. На это указывает характерный суффикс -ов, который «прикрепили» к основе, чтобы адаптировать её к русской фамильной модели.

Разберём основу. «Бобо» в тюркских языках (узбекском, таджикском, каракалпакском) — почтительное обращение к старшему мужчине, дедушке или уважаемому человеку. Второй компонент, «бег», восходит к тюркскому «бек» (господин, князь, правитель). Соединение «Бобо-бег» могло означать «уважаемый господин» или «почтенный старейшина» — составное имя-титул, которое давали человеку высокого статуса или возраста. В дореволюционной Средней Азии такие двусоставные имена (например, Бабабек, Бобохон) были распространены среди местной знати и духовенства.

Фамилия Бобобегов — это русифицированная форма отчества: «сын Бобобега». Её носители, вероятно, происходят из семей, где предок носил имя или прозвище Бобобек (или Бобобег). Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы, — Узбекистан, Таджикистан, а также юг Казахстана и Киргизии. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто фиксировали у выходцев из этих мест, которые переселялись или служили в Российской империи.

В отличие от распространённых фамилий на -ов от русских имён или прозвищ, Бобобегов — яркий пример межкультурного контакта. Она сохранила в себе и тюркскую почтительность, и русский способ оформления фамилии, что делает её уникальной для носителя, ищущего свои корни в смешении языков и традиций.