Фамилия Бободжонов — не исконно русская, а пришла из таджикской и узбекской традиции, где сложилась по восточной модели. Её основа — арабское имя Бабаджан (Бободжон в таджикском произношении). Первая часть, «Бобо», означает «отец» или «дед», а вторая, «джон» — «душа», «жизнь». Вместе имя Бободжон переводится как «дорогой, как отец» или «родная душа». Это типичное составное имя-пожелание, популярное в Центральной Азии.

Русская фамилия Бободжонов образована от этого имени с помощью суффикса -ов, который в российской паспортной системе добавили к таджикской основе. В самой Средней Азии фамилии часто заканчиваются на -ов, -ев, -зода или -и. Суффикс -ов здесь — не признак русского происхождения, а результат административной русификации фамилий в советское время. Если бы фамилию записывали по таджикской традиции, она могла бы звучать как Бободжонзода или Бободжони.

Носители фамилии Бободжонов — почти всегда таджики или узбеки, чьи предки жили на территории современных Таджикистана и Узбекистана. Встречается она и в России, особенно в среде мигрантов из этих республик. Поскольку фамилия образована от личного имени, а не от прозвища или ремесла, она не указывает на род занятий предков — только на то, что в роду был человек по имени Бободжон.

Интересная деталь: в таджикском языке «бобо» — это ещё и почтительное обращение к старшему мужчине, а «джон» — ласковое добавление к любому имени. Так что фамилия Бободжонов несёт двойной оттенок уважения и теплоты. В России её иногда путают с фамилией Бободжанов, но разница в произношении: в первом случае звук «о» ближе к русскому, во втором — к восточному «а».