Фамилия Боботков — один из тех случаев, когда ясна словообразовательная модель, но загадочна основа. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени Боботко. Суффикс -к- в основе (Бобот-к-о) часто указывает на уменьшительную или уничижительную форму, а окончание -о характерно для украинских и белорусских прозвищ. То есть Боботков — это русифицированный вариант фамилии с юго-западных земель: предка звали Боботко, а его потомки на русской почве получили фамилию с типичным суффиксом -ов.

Куда сложнее с корнем «бобот». В русских говорах такого слова нет, но в украинском языке «бобот» — это бормотание, невнятная речь, гул. Отсюда «боботати» — бормотать, говорить неразборчиво. Прозвище Боботко могли дать человеку с тихой или невнятной речью, либо тому, кто постоянно что-то бормотал себе под нос. Версия логичная, но не единственная. Вторая гипотеза, менее вероятная, — связь с «бобом» или «бобовым» (через диалектное «бобот» как стручок). Однако фонетика тут спорная: от «боб» естественнее образовать Бобков или Бобов, а не Боботков.

Есть и третья, более редкая возможность: основа может восходить к глаголу «боботать» в значении «стучать, топать» (сравните с «бобот» — звук падения). Тогда прозвище могло относиться к человеку с тяжёлой походкой. Но в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) прямых упоминаний фамилии Боботков нет, что говорит о её редкости. Скорее всего, это локальная фамилия, возникшая на стыке русских и украинских земель — в Брянской, Курской или Смоленской областях, где смешивались говоры.

В написании фамилия устойчива: ударение падает на второй слог — Бобо́тков. Вариант с ударением на первый слог (Бо́ботков) встречается, но реже и может указывать на другую этимологию. В целом, Боботков — яркий пример того, как за простым суффиксом стоит неочевидное прозвище, связанное с речью или звуком, а географически фамилия тяготеет к западнорусским регионам.