Фамилия Боботрын — редкая, и её происхождение неочевидно. В ней нет типичного русского суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль о нестандартной основе. Скорее всего, перед нами прозвище, застывшее в форме именительного падежа.

Разберём корень. Первая часть — «бобот» — может быть вариантом слова «боботеть» (бормотать, говорить невнятно) или производным от «бобр» (в диалектах — «бобот»). Вторая часть — «рын» — напоминает глагол «рыть» или существительное «рын» (в некоторых говорах — «рын» означало «шум, гам, суета»). Если соединить, получается прозвище человека, который «бормочет и суетится» или «роется, как бобр». Однако есть и более прозаичная версия: фамилия могла образоваться от названия населённого пункта или гидронима, но картографических подтверждений этому нет.

По словообразовательной модели Боботрын стоит в одном ряду с фамилиями-прозвищами типа Говорун, Воробей, Шумов — то есть образована от характеристики человека без добавления патронимического суффикса. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где прозвища часто закреплялись в «чистом» виде. Возможно, предок носителя был известен как Боботрын — неугомонный, ворчливый или деятельный человек.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В открытых базах данных она фиксируется в единичных случаях, преимущественно на юге России и в восточных областях Украины. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в одной локальной группе и не распространилась широко.

О сословной принадлежности носителей судить сложно. Отсутствие «дворянского» суффикса -ский и простота основы указывают на крестьянское или казачье происхождение. Если бы фамилия принадлежала знатному роду, она, скорее всего, видоизменилась бы в процессе адаптации (например, стала бы Боботрынским).

Итог: Боботрын — редкое прозвищное образование, скорее всего, южнорусского или украинского происхождения. Точное значение затемнено, но наиболее вероятно — характеристика поведения («бормотун» или «суетливый»).