Фамилия Боботин звучит на слух необычно, но её происхождение укладывается в несколько простых и логичных моделей. Самая вероятная версия ведет к древнерусскому нецерковному имени или прозвищу Бобота. В основе этого слова лежит звукоподражательный корень «боб-», связанный с бормотанием, невнятной речью или ворчанием. В диалектах «боботать» означало «говорить неразборчиво, бормотать», а «боботя» — ворчун или заика. Таким образом, родоначальник Боботиных мог получить прозвище за манеру говорить.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Боботин — это «сын Боботы» или «человек из семьи Боботы». Такая модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. В южных и восточных областях аналогичная фамилия могла бы звучать как Боботов, но закрепился именно вариант с суффиксом -ин.

Существует и менее очевидная, но возможная версия, связывающая фамилию с диалектным словом «бобот» — так в некоторых говорах называли бобовую похлёстку или кашу. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который любил или часто готовил это блюдо, либо к крестьянину, чей основной рацион составляли бобовые. Однако эта гипотеза уступает первой по вероятности, так как прозвища, образованные от глаголов речи, встречаются гораздо чаще.

С точки зрения географии, фамилия Боботин встречается спорадически, без явного гнезда в одном регионе, что характерно для фамилий, образованных от редких прозвищ. Встречаются носители в центральной России, Поволжье и на Урале. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Боботин — это «прозвищная» фамилия, которая напрямую отражает какую-то черту или особенность первого носителя. В данном случае, скорее всего, речевую.