Фамилия Бобота — редкий случай, когда основа не имеет очевидной славянской параллели. В русском ономастиконе она стоит особняком, и её происхождение, скорее всего, связано с южнославянскими или румыно-молдавскими корнями.

Ключ к разгадке — суффикс. В русских фамилиях на -ота (вроде Грохота, Лепета) ударение обычно падает на основу, а само слово обозначает звук или действие. Но фамилия Бобота с ударением на второй слог (Бобо́та) выбивается из этой модели. В украинском, белорусском и южнославянских языках суффикс -ота мог выполнять роль фамильного показателя, как и более привычные -ов/-ев. То есть Бобота — это фамилия, образованная напрямую от прозвища или имени без дополнительного русского патронимического суффикса.

Самая вероятная версия: фамилия восходит к румынскому слову «bobota» — «треск, грохот» или глаголу «boboti» — «греметь, грохотать». В Молдове и на Буковине это слово хорошо известно. Прозвище Бобота могли дать человеку с громким голосом, шумному или, наоборот, работавшему с грохотом — например, кузнецу или мельнику. В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается в Молдове, на западе Украины (особенно в Черновицкой области) и среди молдавских общин Румынии.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным глаголом «боботать», который в некоторых говорах означал «бормотать, говорить невнятно». Но здесь мы упираемся в ту же проблему: в русских говорах слово «бобота» как существительное не зафиксировано, а южнославянские языки дают более чёткую параллель.

Третья версия — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках «бобо» — «предок, дед, уважаемый старец». Форма «Бобота» могла быть ласкательным или уменьшительным вариантом. Но в тюркской ономастике такой суффикс встречается редко, и фамилия почти не встречается у тюркских народов, так что эта гипотеза слабая.

Итак, скорее всего, предок носителя фамилии Бобота был шумным человеком или работал с грохотом, а сама фамилия пришла из юго-западного региона — с территории современной Молдовы или Буковины. В русских документах фамилия встречается редко, и её носители — это, вероятно, потомки выходцев из тех мест.