Фамилия Борота образована от прозвища, в основе которого лежит глагол «бороться». В древнерусском языке это слово означало «одолевать, побеждать противника в физической борьбе», а также «стараться преодолеть, победить в себе какое-либо чувство, желание, физическое состояние». Скорее всего, прозвище Борота давали человеку с определёнными качествами или родом занятий.

Вероятно, прозвище указывало либо на род деятельности основателя фамилии (воин, борец), либо на особенности его характера — сильного, волевого, самокритичного человека, умеющего побеждать не только врагов, но и собственные слабости. В таком случае фамилия Борота относится к группе «характерологических» прозвищ, которые были широко распространены на Руси до введения обязательных фамилий.

Сама фамилия застыла в форме краткого прилагательного или существительного мужского рода — Борота. Такая модель образования без типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский) встречается реже и указывает на то, что фамилия могла закрепиться в южнорусских или западнорусских землях, где украинское и белорусское влияние сильнее сказывалось на словообразовании. В этих регионах прозвища в чистом виде (без суффиксов) нередко становились фамилиями напрямую.

Фамилия Борота не относится к числу распространённых, поэтому её географию проследить сложно. Однако однокоренные фамилии — Борцов, Боровиков, Бородин — встречаются повсеместно, что подтверждает древность и устойчивость корня «бор-» в русской антропонимии. В отличие от них, Борота сохранила более архаичную и прямую связь с исходным прозвищем, что делает её ценной для историков языка.