Фамилия Боронаева образована от мужского имени или прозвища Боронай. Основа здесь — не сельскохозяйственное орудие «борона», как можно было бы подумать на первый взгляд, а тюркское слово «борон» или «буран» — «буря», «ураган», «вихрь». В тюркских языках, особенно у татар, башкир, казахов, имя Буран или Буранай давали ребенку, родившемуся в ненастье, либо с пожеланием быть сильным, неудержимым, как стихия. Форма Боронай — это русская адаптация, где тюркское «у» перешло в «о» под влиянием акающих говоров.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Боронаев — сын Бороная. Это типичная русская патронимическая модель, но сама основа фамилии — явный след тюркского влияния. В русских переписных книгах XVI–XVII веков встречаются фамилии Буранов, Бураных, но Боронаев — более редкий вариант, закрепившийся, скорее всего, в Поволжье или на юге России, где русское население долго соседствовало с тюркскими народами.

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища Борона, данного человеку с тяжелым, «упертым» характером, как у бороны, которая разбивает комья земли. Но тогда фамилия писалась бы Боронин или Боронов, а не Боронаев. Форма на -аев характерна именно для тюркских имен с конечным -ай (ср. Алмаев, Сабаев, Толмаев). Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Сословно Боронаевы, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми — однодворцами, казаками. Фамилия не дворянская, не купеческая, а народная, распространенная в среде, где сохранялись старые прозвищные традиции. Встречается она редко, в основном в Татарстане, Башкирии, Оренбургской области, что подтверждает её восточные корни.