Фамилия Бороина — редкий случай, когда окончание -ин не указывает на принадлежность к мужчине. Это женская форма фамилии Бороин. Такая модель встречается в русских фамилиях, но обычно женский вариант фиксируется в документах лишь как производный от мужского. Здесь же окончание стало частью основы, и фамилия закрепилась именно в такой огласовке.

Корень фамилии — «бор» — многозначен. Самая вероятная версия: основа от слова «бор» в значении «сосновый лес». Предка могли прозвать Борой или Бороем за то, что он жил в бору, был лесником или просто происходил из местности, богатой сосновыми борами. В русских говорах «бор» также означало «сбор, толпа», но это значение менее характерно для прозвищ.

Менее распространённая, но возможная версия: фамилия образована от календарного имени Борис через его краткую форму Боря. Суффикс -ин в таком случае указывает на принадлежность: «чей?» — Борин, сын Бори. Однако форма Бороин с ударным вторым «о» скорее говорит о происхождении от прозвища, а не от имени: Борой — Бороин, то есть «сын Бороя».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где сосновые боры — обычный ландшафт. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальное происхождение: скорее всего, фамилия возникла в одной или нескольких соседних деревнях и не получила широкого распространения.

С точки зрения словообразования фамилия необычна тем, что сохранила полную основу прозвища, не редуцировав её. В ней нет суффиксов, типичных для «лесных» фамилий вроде Боровский или Боровиков, — она прямая и прозрачная, что делает её историю легко читаемой для любого, кто знает значение слова «бор».