Фамилия Борона — один из тех случаев, когда прозвище совпало с названием сельскохозяйственного орудия. Бороной в крестьянском быту называли раму с зубьями для рыхления земли после вспашки. Но прозвище Борона едва ли давали самому инструменту — так могли окрестить человека с жёстким, «колючим» характером, того, кто «задирается» или, наоборот, неуступчив и упрям, как железные зубья. В некоторых говорах «бороной» называли сварливую, бранчливую женщину, так что прозвище могло закрепиться за человеком с тяжёлым нравом.

Версия о происхождении от имени или профессии — слабее. Прямой связи с ремеслом боронильщика нет: пахали и боронили все крестьяне, это не выделяло человека среди односельчан. Скорее всего, фамилия родилась из прозвища, которое дали по внешней или поведенческой черте.

Модель образования проста: основа Борон- плюс нулевой суффикс. Это типичная для русских фамилий «прозвищная» модель, когда слово без изменений становилось фамилией (ср. Топор, Коса, Шило). Такие фамилии чаще встречались среди крестьян и посадских людей, особенно в северных и центральных губерниях, где прозвища были живучи и не вытеснялись патронимами на -ов/-ев.

Стоит отличать её от фамилии Боронов — та образована стандартным суффиксом принадлежности и может значить «сын Борона». Сама же фамилия Борона — прямая, без суффикса, и потому более архаичная по форме. Встречается она реже, чем производные варианты, и сохранилась преимущественно в тех регионах, где вплоть до XIX века прозвища фиксировались в документах без переоформления в отчества.

Фамилия недвусмысленно русская, но её носители могли быть из разных сословий: от государственных крестьян до однодворцев. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она упоминается в ряду «орудийных» прозвищ, без дополнительных легенд.