Фамилия Болота — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию почти без изменений, в форме именительного падежа единственного числа. Это отличает её от подавляющего большинства русских фамилий, которые оформлялись суффиксами принадлежности (-ов, -ев, -ин) или прилагательными (-ский, -цкий). Здесь мы видим чистую основу: Болот(о) + окончание -а, которое в русском языке характерно для слов среднего рода. Такая модель — признак сравнительно позднего закрепления фамилии, возможно, уже в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по названию деревни или урочища.

Слово «болото» в славянских языках изначально означало не просто топь, а сырое, низменное место, часто поросшее лесом. Фамилия могла возникнуть двумя путями. Первый — по месту жительства: предок жил на болотистой почве, в деревне Болото или на хуторе Болота. Второй — через прозвище: Болотом могли назвать человека медлительного, вязкого, либо, напротив, того, кто хорошо знал топкие места и умел по ним ходить. Второй вариант менее вероятен, потому что прозвища в форме среднего рода (а не мужского) в русской традиции встречаются редко — чаще говорили Болотник или Болотный.

Интересна география фамилии. Встречается она преимущественно на западе и юго-западе России, особенно в Брянской, Смоленской и Псковской областях, а также на Украине и в Белоруссии. В этих регионах слово «болото» входило в состав многих микротопонимов — названий полей, лесных участков, пустошей. Фамилия Болота могла закрепиться за выходцем из конкретного урочища Болото, которое было настолько заметным ориентиром, что стало родовым именем.

С точки зрения словообразования, фамилия Болота стоит в одном ряду с такими же «географическими» фамилиями без суффиксов: Гора, Река, Поле, Озеро. Все они — результат прямого переноса топонима. В отличие от них, фамилия Болота сохранила окончание -а, характерное для среднего рода, что делает её особенно узнаваемой и не даёт спутать с формой родительного падежа (кого? — Болота). В документах XVIII–XIX веков такую фамилию могли записать и как Болотов — с добавлением суффикса, но исходный вариант удержался именно в краткой форме.

Сословная принадлежность носителей фамилии Болота, скорее всего, крестьянская или однодворческая. В списках мещан и купцов эта фамилия почти не встречается, что подтверждает её «земляное» происхождение. Если искать реальных носителей, то в метрических книгах XIX века по западным губерниям фамилия Болота фигурирует у государственных крестьян — тех, кто жил на казённых, а не помещичьих землях.