Фамилия Бобочин — один из тех редких случаев, когда необычное окончание на -ин скрывает неожиданную основу. Вопреки первому впечатлению, она не связана с «бобочкой» или «бабочкой». Надёжнее всего её возводить к прозвищу Бобок, а то и напрямую к слову «боб» — любому зернышку стручковых растений: фасоли, гороха. Прозвище Бобок могли дать человеку за маленький рост, круглую форму лица или, наоборот, за любовь к бобовым — в крестьянском быту это было обычной пищей, и прозвища по еде встречались часто.

Суффикс -ин в фамилии Бобочин указывает на принадлежность: «чей?» — Бобочин, то есть сын или потомок Бобока. Обычно такие фамилии образовывались от имён или прозвищ на -а/-я, но здесь исходная форма Бобок дала основу Бобоч- (с чередованием к/ч), и уже к ней добавили -ин. Это довольно редкая модель: чаще от Бобка делали Бобков или Бобкин, а Бобочин — более архаичный вариант, сохранивший древнее чередование.

География фамилии узкая. По данным переписей и телефонных справочников, Бобочины встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Ярославской. Это подтверждает версию о крестьянском происхождении: в этих краях прозвища от названий растений и продуктов были особенно распространены.

Версия о связи с глаголом «бобочить» (говорить бессвязно, бормотать) существует, но слабая: этот глагол редок и локально ограничен, а прозвища от него образовывались бы иначе — скорее как Бобоча или Бобочкин. Поэтому основная и самая правдоподобная гипотеза — прозвище от «боб» через уменьшительную форму Бобок. Потомок человека с таким прозвищем и стал Бобочиным.