Фамилия Бобочка — это редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию практически без изменений, сохранив свою уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит слово «боб», то есть зерно стручковых растений — фасоли, гороха. Прозвище Бобочка могли дать человеку, который занимался выращиванием бобовых, или же так в шутку называли невысокого, кругленького человека — по сходству с бобом.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Большинство русских фамилий образуется с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский. Фамилия Бобочка — это, по сути, застывшее прозвище в именительном падеже. Такое оформление встречается редко и чаще свойственно украинской или белорусской традиции, где фамилии нередко оставляли в исходной форме (например, Соловей, Гузь). Поэтому вполне вероятно, что корни фамилии Бобочка лежат не в великорусских, а в западнорусских землях.

Если копнуть глубже, у прозвища мог быть и переносный смысл. В некоторых говорах «бобом» называли не только растение, но и ленивого, незадачливого человека (ср. «остаться на бобах» — в дураках, без ничего). Однако в ласкательной форме «Бобочка» эта негативная окраска почти полностью стирается — скорее, перед нами домашнее, семейное прозвище, которое закрепилось за родом.

В ономастике фамилия Бобочка стоит особняком. Она не связана с крестильными именами, не указывает на профессию в прямом смысле (как Кузнецов или Плотников) и не имеет географической привязки вроде «рязанский» или «тверской». Это яркий пример прозвищной фамилии, где главную роль сыграло не занятие, а внешность или характер предка.