Фамилия Бобовия — редкий случай, когда в глаза бросается не корень, а окончание. В русских фамилиях типичны суффиксы -ов, -ин, -ский, а здесь — -ия. Такое окончание почти всегда указывает на польское или белорусское происхождение, либо на искусственное книжное образование. В польском языке фамилии на -ия (Bobowia) не редкость, и они часто образованы от названий местности или от прозвищ. Если же фамилия исконно русская, то она могла возникнуть в среде духовенства: в семинариях ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии на -ий, -ия, переделывая простонародные прозвища.

Основа «Бобов-» прозрачна: она связана со словом «боб». Прямое значение — «относящийся к бобам» или «бобовый». Но вряд ли предка прозвали так за любовь к бобовым культурам. Скорее, прозвище Боб или Бобовый давали человеку за какую-то внешнюю черту — например, за круглое лицо, полноту или медлительность, напоминающую набухающий боб. В старину «бобом» могли назвать и скупого человека, и того, кто жил одиноко, «как боб в стручке». Есть и другая версия: в некоторых говорах «бобовик» — это вид гриба или растение, но она менее правдоподобна.

Если отбросить польский след, то фамилия Бобовия могла появиться в южнорусских или украинских землях, где суффикс -ия изредка проникал в фамилии под влиянием малороссийской традиции. В таком случае она означала бы просто «потомок Боба» или «человек из рода Бобовых». География фамилии сегодня неширокая: встречается на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западнославянский или смешанный характер.

Что касается социального контекста: если фамилия семинарская, то её носитель мог быть выходцем из крестьян или мещан, получившим фамилию при поступлении в духовное училище. Если же она польская, то предки могли быть шляхтичами или крестьянами — в Польше фамилии на -ия не были привилегией знати. В любом случае, Бобовия — это нечастая фамилия, сохранившая связь с простым, но выразительным прозвищем.