Фамилия Бобухов — редкий пример, где корень почти наверняка звукоподражательный, а не от имени или профессии. Основа «бобух» или «бобуха» в русских говорах означала нечто, производящее глухой, бухающий звук: удар, падение, тяжёлый шаг. В словаре Даля зафиксирован глагол «бобухать» — стучать, колотить, идти с шумом. Прозвище Бобух могли дать человеку грузного телосложения, неуклюжего или, наоборот, того, кто работал с нарочитым грохотом — например, кузнеца или плотника. Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии конца XVII–XIX века: «чей?» — сын Бобуха, потомок Бобуха.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским «бобу» (дед, предок) или диалектным «бобыль» (одинокий крестьянин без земли). Однако фонетика против: от «бобыль» ожидалась бы фамилия Бобылёв, а от тюркского корня — Бобуев или Бобуков. «Бобух» с характерным «х» на конце — чисто восточнославянская огласовка звукоподражания, встречающаяся в псковских и тверских говорах.

Географически фамилия Бобухов редка, её очаг — центральные области России, возможно, с тяготением к Тверской или Ярославской губерниям, где бытовало слово «бобуха» в значении «колотушка» или «шишка от удара». В документах XVIII века такая фамилия могла закрепиться за крестьянином или ремесленником — сословных перегородок для образования от прозвища не было.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает ту же модель: Бобухин (с суффиксом -ин от основы на -а) и Бобухов — вариации одного прозвища. Встречается ещё написание Бобухов с ударением на втором слоге, что характерно для южнорусских говоров, но основная литературная норма — ударение на первом: Бо́бухов.