Фамилия Боднянские указывает на происхождение от конкретного места — типичная «географическая» фамилия, которая закрепилась за переселенцами. В её основе лежит прозвище Боднянский, которое, скорее всего, получил выходец с берегов небольшой речки Бодня в Московской области. Само название речки, по одной из версий, происходит от слова «бадня» — так в некоторых славянских говорах называли дерево, поваленное бурей в воду. Если эта версия верна, основатель рода жил у реки с таким описательным названием.

Есть и другое объяснение, не связанное с гидронимом. Слово «бодня» в словаре Даля означает «кадушка с крышкой». В этом случае прозвище Бодняный мог получить бондарь — мастер, делавший кадки и другую деревянную утварь. Суффикс -ский в фамилии типичен для польской, украинской и западнорусской традиции: он часто добавлялся к основе, когда человек переезжал в другое место, и указывал на его прежнюю родину или занятие.

Сейчас трудно сказать, когда именно и где фамилия оформилась в нынешнем виде. Процесс становления фамилий у славян шёл несколько столетий, и Боднянские могли появиться как в центральной России, так и на землях бывшей Речи Посполитой, где суффикс -ский особенно распространён. Спор между «речной» и «бондарной» версиями пока не разрешён, но обе имеют под собой реальную основу: первая опирается на реальный топоним, вторая — на живое нарицательное слово из народных говоров.