Фамилия Боднянская — женская форма фамилии Боднянский. В её основе лежит прозвище или топоним, и у этой фамилии есть как минимум две версии происхождения, обе равноправные.

Первая версия — географическая. Прозвище Боднянский могли дать человеку, который жил на берегу реки Бодня. Такая небольшая речка действительно существует в Московской области. Название реки, в свою очередь, выводят из слова «бадня» — так в некоторых говорах называли дерево, сваленное бурей в воду. Если предок Боднянских жил у такой реки, его и прозвали по месту жительства: «Боднянский» — то есть «с Бодни». Фамилии на -ский/-ская в России часто получали дворяне по названиям своих имений, но также и простые люди — по названию деревни или реки, откуда они были родом.

Вторая версия — профессиональная. Прозвище Бодняный (а от него уже — Боднянский) могло возникнуть от слова «бодня». В словаре В. И. Даля «бодня» — это кадушка с крышкой, небольшой бочонок или лукошко. В этом случае прозвище относилось к ремеслу: предок мог быть бондарем, то есть мастером, который делал кадки, бочки и другую деревянную домашнюю утварь.

Какую из версий считать основной — решить трудно. Оба корня (речной и ремесленный) одинаково реальны для русских фамилий. Возможно, в разных ветвях рода фамилия возникла независимо: одни Боднянские пошли от жителей реки Бодни, другие — от прозвища бондаря. Суффикс -ск- в фамилии указывает на её более позднее оформление (по сравнению с простыми фамилиями на -ов или -ин) и часто встречается в фамилиях украинского, польского или белорусского происхождения, а также у русского духовенства и дворянства. Однако в случае с Боднянской связь с рекой Бодня в Подмосковье делает русское происхождение фамилии вполне вероятным.