Фамилия Боднянский в своей основе, скорее всего, имеет географическое происхождение. Она восходит к названию небольшой речки Бодня, протекающей в Московской области. Сам топоним, возможно, происходит от слова «бадня» — так в некоторых говорах называли дерево, сваленное бурей в воду. Если эта версия верна, основатель рода Боднянских когда-то жил на берегу этой реки, а фамилия закрепилась за ним по типичной для дворянских и духовных фамилий модели: местность + суффикс -ск-.

Однако есть и альтернативная гипотеза, которая выводит фамилию не от реки, а от прозвища Бодняный. В этом случае корень связан с нарицательным «бодня» — так В. И. Даль определял кадушку с крышкой, то есть предмет крестьянского обихода для хранения припасов. Прозвище могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям: предок Боднянского мог быть бондарем или мастером по изготовлению деревянной посуды. В таком случае суффикс -ский указывает не на владение землёй, а на принадлежность к роду: «сын Бодняного», что со временем превратилось в фамилию.

Какая из версий правдоподобнее? Географическая выглядит чуть убедительнее, поскольку фамилии на -ский в центральной России чаще давались по названиям мест, а не по прозвищам ремесленников (для последних типичнее суффиксы -ов или -ин). Но река Бодня — не крупный и не широко известный объект, поэтому фамилия остаётся редкой. В любом случае, обе гипотезы сходятся в одном: Боднянские — не случайная фамилия, а потомки человека, которого отличала либо река, на которой он жил, либо ремесло, которым он кормил семью.