Фамилия Бодокия — редкая, и её происхождение неочевидно. В русской ономастике она стоит особняком, и первое, что бросается в глаза, — это необычное окончание. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, форма Бодокия напоминает греческое женское имя, адаптированное через церковную традицию.

Самая вероятная версия связывает фамилию с именем Евдокия. В простонародном произношении, особенно в южнорусских и украинских говорах, начальное «Е» часто отпадало, а «в» переходило в «б»: Евдокия превращалась в Авдотья, Овдотья, а в некоторых диалектах — в Бодокия. Так женское имя могло стать прозвищем мужчины, а затем и фамилией его потомков. Подобные случаи известны: фамилии Авдотьин, Овдотьев, Богданов (от Богдан — аналог Федота) построены по той же модели.

Менее убедительна версия о связи с греческим «бодо» (медленный) или топонимом Бодокия — таких географических названий в доступных источниках не зафиксировано. Скорее всего, перед нами не заимствование из другого языка, а результат народной этимологии, переработавшей церковное имя.

Словообразовательно фамилия застыла в форме, нехарактерной для русских фамилий. Обычно суффикс -ия (или -ья) встречается в фамилиях украинского или польского происхождения (Горпищенко, Бондарчук), но здесь основа имени сохранилась почти без изменений. Это указывает на то, что фамилия могла писаться так, как слышалась, и не подверглась стандартной русификации.

Носители фамилии Бодокия, если судить по редкости, могли быть выходцами из одной местности, где имя Евдокия в форме Бодокия было настолько распространено, что закрепилось как родовое прозвище. Сословно предки, вероятно, относились к крестьянам или мещанам — в дворянских родословных такая фамилия не встречается. В современной России и на Украине фамилия встречается единично, что делает её ценной для генеалогического поиска: круг потенциальных родственников узок, а значит, восстановить историю семьи проще, чем по фамилиям-миллионникам.