Фамилия Бофанов нечасто встречается, и её происхождение можно объяснить двумя разными путями. Первый и самый вероятный — от канонического имени Бонифатий. В бытовой русской речи это имя сокращали и переделывали: так на свет появилась форма Бофан, а от неё, с помощью типичного суффикса принадлежности -ов, и фамилия Бофанов. Латинское имя Бонифатий означает «добрая судьба», а его небесным покровителем считается святитель Вонифатий Милостивый, епископ Ферентийский, память которого приходится на 1 января.

Второй вариант — прозвищный. В основе лежит глагол «буфонить» (шутить, балагурить). Тогда Бофан — прозвище веселого, остроумного человека, которое со временем закрепилось за его потомками как фамилия. В пользу этой версии говорит то, что имя Бонифатий в народе чаще сокращали до Фаня или Боня, а форма Бофан встречается реже и могла возникнуть независимо от церковного имени.

В Книге памяти Республики Коми есть запись об Иване Васильевиче Бофанове 1909 года рождения из села Михеево Ардатовского района Горьковской области. Эта географическая привязка — одна из немногих конкретных точек, где фамилия фиксируется документально, что подтверждает её бытование в волго-вятском регионе.