Фамилия Богаковский образована по продуктивной восточнославянской модели с суффиксом -ский. В основе лежит географическое название — скорее всего, село или местечко Богаково или Богаковка. Такие топонимы встречаются в Беларуси, на западе России и в восточной Польше, где распространены названия от слова «бог» или «богатый». Поскольку суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение (в отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ин), первые носители фамилии, вероятно, принадлежали к мелкопоместному дворянству или служилой шляхте Речи Посполитой. Владелец поместья Богаково или выходец из него получал прозвание «Богаковский», которое со временем закрепилось как фамилия.

Менее вероятна, но возможна версия, что основа «богак» — это диалектное прозвище богатого, зажиточного человека. Однако в этом случае фамилия скорее приняла бы форму Богаков (с суффиксом -ов) или Богакин. Выбор именно -ский подсказывает, что перед нами фамилия-топоним.

Встречаемость фамилии невысокая, что типично для шляхетских фамилий, не получивших массового распространения в крестьянской среде. В современных адресных книгах и базах данных Богаковские фиксируются в основном в Беларуси и западных областях России (Смоленская, Брянская, Псковская), а также среди потомков эмигрантов в США и Канаде. Написание фамилии устойчивое, варианты с одной «к» (Богаковский) встречаются реже и могут быть результатом описки или упрощения в советских документах.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Богаченко, Богачук, Богаевский) показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются по региону и социальному статусу предков: Богаковский — явно западный, «шляхетский» вариант, в то время как Богаченко типичен для украинских земель, а Богачук — для Полесья и Волыни.