Фамилия Боганкова, скорее всего, женская форма от мужской фамилии Боганков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Боган, которое могло возникнуть в народной среде как сокращение от более полных имен вроде Богдан или Боголеп. В русской ономастике такие «усеченные» формы встречаются постоянно: от Богдана — Богдаш, Богданка, а от них уже фамилии Богдашов, Богданкин. Боган — один из вариантов, где корень «бог» остался, а суффикс -ан придал имени оттенок просторечной ласки или, наоборот, прозвищной грубоватости.

Суффикс -ов в фамилии Боганков указывает на типичную русскую модель принадлежности: «чей?» — Боганков, то есть сын или потомок Богана. Такие фамилии массово закрепились в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, когда прозвище переходило к детям и становилось родовым именем. Интересно, что фамилия Боганкова встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Липецкой областях — там, где были сильны традиции некалендарных имен и прозвищ.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «боган» — «удавка, петля». В этом случае прозвище могли дать человеку, занимавшемуся охотой с силками или имевшему узкую шею. Но для русской фамилии такое объяснение спорно: тюркские заимствования чаще давали прозвища по ремеслу (как Аргамаков — от породы лошадей), а не по бытовому предмету. Скорее всего, основой всё же было славянское имя.

Что касается ударения, в разговорной речи часто ставят его на второй слог — Боганко́ва, хотя в исходной фамилии Боганков ударение может падать и на первый, и на второй слог в зависимости от местного говора. Словообразовательно фамилия проста: корень боган-, суффикс -ов, окончание -а. Однокоренные фамилии — Богданов, Боганов, Богатин — все они восходят к имени Богдан, но каждая со своей уменьшительной или прозвищной формой. Боганкова выделяется среди них редким вариантом основы, который не получил широкого распространения и сохранился в основном в виде фамилии, а не имени.