Фамилия Боганьков — редкий случай, когда с первого взгляда понятная основа «Боган» на деле ставит исследователя в тупик. Казалось бы, всё ясно: Бог — Боганька, уменьшительное от Богдан или Богослав. Но суффикс -аньк- в русской антропонимии встречается нечасто и почти всегда указывает на западнорусское или украинское происхождение. В говорах Смоленщины, Брянщины и Беларуси -аньк- — это не столько уменьшительность, сколько фамильярно-ласкательная форма, вроде «Ванька» или «Манька». То есть Боганьков — это не «сын Богана», а скорее «сын Боганьки», человека, которого в быту звали именно так.

Корень «Бог-» в фамилиях почти всегда связан с личным именем Богдан («данный Богом»). Однако есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых северных и сибирских говорах «боганить» означало «богатеть, жить в достатке». Тогда Боганька — это прозвище зажиточного крестьянина или удачливого торговца. Такое объяснение правдоподобно, если учесть, что фамилия встречается в Пермском крае и на Урале, где прозвища по достатку были распространены. Спор между «божественным» и «богатым» происхождением решается просто: в подавляющем большинстве случаев основой служило имя, а не нарицательное слово. Прозвище «Богатый» давало бы форму Богатков или Богатиков, а не Боганьков.

География фамилии подсказывает, что её носители — не московские бояре и не южнорусские казаки. Основной ареал — Кировская область, Удмуртия, Пермский край. В XIX веке Боганьковы числились в основном государственными крестьянами, реже — мещанами. Суффикс -ов типичен для центральной России, но в сочетании с -аньк- он выдаёт миграцию: предки могли прийти на Вятку и Урал с запада, из белорусских или смоленских земель, во времена освоения новых пахотных земель в XVII–XVIII веках.

Стоит обратить внимание на ударение. В самой фамилии оно, скорее всего, падает на второй слог: Боганько́в. Если бы ударным был первый слог (Бо́ганьков), форма звучала бы как «Бо́ганов», но суффикс -аньк- удерживает ударение на себе. Эта особенность — ещё один аргумент в пользу того, что исходное прозвище или имя звучало именно как Боганька́, с ударным «а».

Таким образом, фамилия Боганьков — типичный образец поздней крестьянской фамилии, образованной от обиходной формы имени Богдан с использованием редкого западнорусского суффикса. Она не древняя, не дворянская, но зато хорошо сохранила живую народную речь тех мест, откуда её носители расходились по всей северо-восточной России.