Фамилия Богобоящая — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а цельное устойчивое выражение. Это краткое причастие или прилагательное женского рода от словосочетания «Бога бояться», то есть «богобоязненная». В дореволюционной России так называли человека набожного, соблюдающего церковные обряды, живущего по заповедям. Фамилия закрепилась, скорее всего, за женщиной — вдовой или матерью, которую в округе знали именно по этому качеству, и дети пошли по её прозвищу.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно русские фамилии образуются через суффиксы принадлежности (-ов, -ин) или через окончания притяжательных прилагательных. «Богобоящая» же — это застывшая форма именительного падежа полного прилагательного женского рода. Такие фамилии встречаются редко и чаще всего в среде духовенства или в старообрядческой среде, где ценилась особая строгость нравов. В крестьянской среде женщину могли записать в ревизские сказки как «Богобоящую», и это прозвище перешло в фамилию её детям, не изменив формы.

У фамилии нет географической привязки к одной местности — она встречается точечно в разных регионах России, но чаще в центральных губерниях и на Русском Севере, где было сильно влияние старообрядчества. В отличие от фамилий типа Благочестивый или Добронравов, которые тоже образованы от качеств, «Богобоящая» сохранила именно женский род, что делает её уникальной: носителями могут быть и мужчины, но фамилия не склоняется по мужскому образцу.

В ономастических справочниках эта фамилия не описана подробно — она слишком редкая. Можно предположить, что её носители в XVII–XIX веках были либо церковнослужителями низшего звена (пономари, дьячки), либо крестьянами, выделявшимися среди односельчан особым благочестием. Прозвище «Богобоящая» могло даваться и иронично, но в официальных документах его фиксировали буквально.