Фамилия Боголицын — из относительно редких, где в основе лежит не мирское имя или ремесло, а целая фраза, переосмысленная как прозвище. Разбираем её по частям: «Бог» и «лицо». Скорее всего, перед нами прозвище человека, которого в глаза или за глаза называли «Боголицый». Так могли сказать о красивом, статном человеке с приятными чертами — лицом, «как у Бога», то есть иконописно правильным, светлым. В народной среде такие метафоры не воспринимались как богохульство, а скорее как высшая степень похвалы внешности.

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: Боголицын — буквально «сын Боголицего» или «из рода Боголицых». В русской ономастике это типичная схема для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я или мягкий согласный: если прозвище звучало как Боголица (по той же модели «ума лишённый» → «Безумница»), то фамилия также получила бы суффикс -ин. Но вариант с «Боголицый» логичнее: он даёт более устойчивую мужскую форму, от которой и пошла фамилия.

Никакой связи с церковным саном или богослужением здесь нет. Фамилии вроде Богоявленский, Боголюбов — семинарские, искусственные, с суффиксом -ский. Боголицын же — крестьянская или посадская фамилия, уличное прозвище, закреплённое в документах. Встречается она почти исключительно в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где сохранялась архаичная лексика и охотно давали прозвища по внешним признакам.

Интересно, что фамилия не подверглась «обкатке» в дворянской среде: её носители, судя по архивным записям XIX века — государственные крестьяне и мещане. В переписных книгах можно найти Боголицыных, числящихся «черносошными» или «экономическими» крестьянами, то есть людьми, которые платили подать государству, а не помещику. Это косвенно подтверждает, что прозвище возникло не в барской усадьбе, а в деревенском обиходе.

Итог простой: предок носителя этой фамилии получил меткое народное прозвище за редкую красоту или выразительное лицо. Фамилия сохранила его в неизменном виде, обойдясь без книжных суффиксов и церковнославянских оборотов.