Фамилия Боголицына — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешность, а сложное слово, составленное из двух корней: «Бог» и «лицо». Сразу бросается в глаза, что это не типичная «говорящая» фамилия вроде Богоявленского или Боголюбова: здесь нет суффикса принадлежности, а есть скорее прозвищная модель, которая застыла в родительном падеже.

Словообразовательно фамилия восходит к прозвищу Боголиц (или Боголика — для женщины). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Боголицын, то есть сын или потомок человека по прозвищу Боголиц. Само прозвище, скорее всего, означало «тот, у кого лицо Бога» — не в прямом богохульном смысле, а как метафора: либо человек был очень красив (писали «боголикий» в значении «божественно красивый»), либо, что вероятнее, имел иконописные черты, спокойное и светлое выражение лица. В старину так могли назвать человека с правильными, «каноническими» чертами, напоминающими лики на иконах.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «боголицый» в значении «набожный, благочестивый». То есть прозвище могло характеризовать не внешность, а поведение: человек, который постоянно молится, «лицом к Богу». Однако в таком случае логичнее было бы ожидать форму Богомольцев или Боголюбский, а не Боголицын.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным русским регионам, где были сильны старообрядческие традиции. Среди староверов прозвища с корнем «Бог» встречались чаще, чем среди официального православного духовенства, которое предпочитало фамилии на -ский. Боголицыны могли быть крестьянами или посадскими людьми, а не священниками: в духовных сословиях такие «простые» формы (без суффикса -ский) — редкость.

В современном написании фамилия сохраняет архаичное окончание -а, характерное для женской формы, но в мужском варианте (Боголицын) она склоняется как обычное притяжательное прилагательное. Ударение, по аналогии с другими фамилиями на -ицын, падает на второй слог: Боголицына.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие аналоги — Боголюбов (от «любить Бога») и Богодаров (от «дар Божий»). Боголицын стоит особняком: это не комплимент уму или дару, а именно описание лица — внешнего или внутреннего. В этом её уникальность среди «божественных» фамилий.