Фамилия Богомольский — одна из тех, что сразу выдают церковную среду, но не такую, как у поповичей (Попов, Протопопов), а скорее бытовую, человеческую. Её основа — слово «богомол» или «богомолец», то есть человек, совершающий паломничество (богомолье) к святым местам, либо тот, кто особенно усерден в молитве, «богомольный» по характеру. В крестьянской и мещанской среде так могли прозвать странника, который постоянно ходил по монастырям, или просто набожного, часто молящегося соседа.

Модель образования — типичная для польско-украинских и западнорусских земель: суффикс -ск(ий) указывает на шляхетское или казацкое происхождение, а также на географическую привязку (по названию места). Однако в случае с Богомольским корень не топонимический, а личный, прозвищный. Такая фамилия могла возникнуть двумя путями: либо как прозвание человека (Богомол → сын Богомола → Богомольский), либо как фамилия по названию села Богомолы или Богомолье (такие населённые пункты есть на Украине и в Беларуси). Второй вариант правдоподобнее: в XVIII–XIX веках священники и казаки часто получали фамилии от названий своих хуторов или приходов, а уже потом эти фамилии «отрывались» от географии.

Суффикс -ск(ий) в этой фамилии — не просто маркер знатности. В Малороссии и на юго-западе России он был распространён у духовенства и казачьей старшины. Поэтому Богомольские могли быть как сельскими священниками (чьи предки служили в храме, посвящённом какому-либо святому, связанному с богомольем), так и выходцами из казачьих родов, где прозвище Богомол дали за необычное для воина благочестие.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Богомолов или Богомолец, форма на -ский встречается гораздо реже и почти не фиксируется в северных и центральных губерниях России. Это сразу указывает на ареал — преимущественно Волынь, Подолье, Киевщина, а также Галиция. В современной России фамилия остаётся редкой, чаще встречается у потомков переселенцев с Украины или у людей с польскими корнями (где -ski — стандартный фамильный формант). Спорных версий немного: иногда пытаются вывести Богомольского от названия села Богомолово в Тверской области, но там суффикс был бы -ов, а не -ский, так что это натяжка. Самый надёжный источник — прозвище паломника или название населённого пункта, где жили люди, чтившие богомолье как образ жизни.