Фамилия Боханкова — женская форма фамилии Боханков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Боханко. Основа здесь — слово «бохан» или «боханка», что в русских говорах означало «коврига хлеба», «буханка». Прозвище Бохан, скорее всего, давали плотному, коренастому человеку, либо тому, кто пёк хлеб или торговал им. В ономастике это типичная модель: человека называли по характерной внешности или роду занятий, а потом это прозвище закреплялось за его детьми.

Суффикс «-ков» указывает на принадлежность: Боханков — сын Бохана. Такая модель распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на «-ов» и «-ев» были основным типом для крестьян и мещан. В отличие, скажем, от украинских фамилий на «-енко» или польских на «-ский», здесь нет указания на шляхетское происхождение — это фамилия человека из податного сословия, из крестьян или посадских.

Встречается фамилия Боханков нечасто, но имеет чёткую географическую привязку. По данным открытых источников, основная масса носителей сосредоточена в Псковской области и на юге Архангельской, а также в некоторых районах Беларуси (Витебщина). Это косвенно подтверждает, что корень «бохан» был жив именно в северо-западных и северных говорах, где «буханка» произносилась как «боханка». В южных регионах России ту же основу чаще передавали фамилии Буханков или Буханов.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским словом «бахан» — «господин», «хозяин». Однако для фамилии, бытующей преимущественно в русском северо-западе, эта гипотеза выглядит натянутой: нет ни исторических, ни диалектных свидетельств, что такое слово прижилось в этих местах. Гораздо логичнее держаться хлебной версии — она проще и подтверждается живыми говорами. Таким образом, Боханкова — фамилия, которая прямо говорит о предке: либо о его фигуре, либо о ремесле, и в обоих случаях отсылает к повседневной жизни русского крестьянина.