Фамилия Бохенковская — редкий пример восточнославянской фамилии с польским или западнорусским оттенком. Она образована по продуктивной модели на -ский/-ская, которая в XVI–XVIII веках была характерна для шляхты и духовенства Речи Посполитой, а затем распространилась среди крестьян и мещан на землях современной Беларуси, Украины и западной России. Суффикс -овск- указывает на принадлежность к определённому месту или роду: Бохенковская — значит «происходящая из Бохенкова» или «относящаяся к Бохенке».

Корень Бохенк- восходит к личному имени или прозвищу. Наиболее правдоподобная версия — связь с западнославянским именем Бохенк, уменьшительной формой от Богуслав или Богомил (где «бог» — Бог, а «слав» — слава, «мил» — милый). В польской ономастике такие усечённые формы с суффиксом -ек (как Болек от Болеслав) встречаются повсеместно. Менее вероятно, хотя и возможно, происхождение от топонима Бохенка — название могло относиться к хутору, деревне или урочищу, где жили первые носители фамилии. Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины (Волынь, Подолье) и юго-восточной Польше: именно там фиксируются поселения с похожими названиями, например, Бохенка (Bochnia) в Малопольше, хотя прямой связи с городом Бохня нет — скорее, это местный микротопоним.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия не могла возникнуть в великорусских говорах: суффикс -енк- в основе (Бохенк-) — типично украинско-белорусский, где он образует уменьшительные имена (Петренко, Иваненко). В русской традиции на той же территории использовали бы форму Бохенков (без -ск-). Сочетание украинского корня с польским суффиксом -ский — характерная черта для фамилий православной шляхты и униатского духовенства XVII–XVIII веков. Поэтому предки носительницы фамилии Бохенковская, скорее всего, были мелкими землевладельцами или священниками на границе польского и украинского культурных миров.

Встречаемость фамилии сегодня — единичная, в основном в России и Украине. Это говорит о том, что род был немногочисленным или фамилия изменилась в ходе миграций и русификации. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Бохенский, Бохенко, Бохонский — все они указывают на тот же корень, но с разными суффиксальными оформлениями. Споров о происхождении почти нет: версия с личным именем Богуслав остаётся основной, так как она объясняет и уменьшительную форму, и географическое распространение, и социальный статус первых носителей.