Фамилия Боксэнян — яркий пример того, как географическая метка становится семейным именем. Её основа, скорее всего, восходит к топониму Боксэн — названию населённого пункта, который, вероятно, находился в исторической Армении или в регионах расселения армян (например, в Западной Армении, ныне на территории Турции). Суффикс -ян (в диалектных вариантах -енц, -онц) — классический патронимический показатель в армянской ономастике, означающий «принадлежащий к», «из рода». Таким образом, Боксэнян — это «тот, кто из Боксэна» или «потомок выходца из Боксэна».

Обращает на себя внимание редкая буква «э» в корне. Для армянских фамилий, образованных от топонимов, характерно использование буквы «е» (например, Боксенян), но вариант с «э» может указывать на диалектное произношение или намеренное сохранение более точного звучания исходного названия в конкретной местности. Если бы фамилия была образована от имени Боксэн (гипотетическое личное имя, не зафиксированное в известных источниках), она бы означала «сын Боксэна», но топонимическая версия выглядит убедительнее: фамилии от названий сёл и городов — массовое явление, особенно в среде армян, вынужденно покидавших родные места.

Написание фамилии может варьироваться: в русских документах встречается как Боксэнян, так и Боксенян (с заменой «э» на «е»). Такая вариативность нередко связана с работой писарей в XIX — начале XX века, которые записывали фамилию на слух, не вникая в тонкости армянского произношения. Географически фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы, возможно, из Западной Армении или из армянских общин, переселившихся в Российскую империю после геноцида 1915 года.

Сословная принадлежность предков-Боксэнян не восстанавливается без конкретных документов: среди армянских переселенцев были и ремесленники, и торговцы, и крестьяне. Единственное, что можно сказать с уверенностью — фамилия не искусственная (не придумана при получении паспорта), а естественно сложившаяся на основе реального географического названия, которое сегодня, скорее всего, уже не существует под этим именем.