Фамилия Болданова — женская форма фамилии Болданов, и разбирать её историю стоит с мужского варианта. Основа здесь — прозвище или имя Болдан. В русской ономастике слово «болдан» имеет два основных значения, и оба ведут в разные эпохи.

Первая и самая очевидная версия — от тюркского «болдан», что означает «ставший, сделавшийся». Это типичная модель для прозвищ, которые давали по какому-то качеству или событию: например, человек мог получить такое прозвище после того, как добился успеха или изменил статус. В тюркских языках корень «бол-» означает «быть, становиться», и фамилии с этой основой (Болданов, Болтаев, Болдырев) часто встречаются у народов Поволжья и Сибири, где было сильное татарское или башкирское влияние.

Вторая версия — от русского диалектного слова «болдан» или «болдырь». В северных и сибирских говорах так называли человека с крупной головой, а иногда и просто упрямца. В словаре Даля «болдырь» — это метис, ребёнок от смешанного брака (например, русского и татарки или калмычки). Если фамилия возникла в среде казачества или в районах активного межэтнического контакта (Урал, Сибирь, Астрахань), то прозвище Болдан могло указывать на происхождение от смешанного брака.

Фамилия Болданова нередко встречается в Бурятии (особенно в Улан-Удэ и районах), а также в Забайкалье. Там основа могла быть не тюркской, а монгольской или бурятской: «болд» (сталь, крепкий) плюс суффикс «-ан» даёт значение «стальной, крепкий». То есть Болдановы — потомки человека, которого прозвали за твёрдость характера или физическую силу.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилии: так оформляли прозвища и имена в XVI–XVII веках, когда крестьян и служилых людей записывали в переписи. Женская форма Болданова закрепилась в документах как указание на принадлежность к роду — жена или дочь Болданова.

Таким образом, фамилия Болданова — это не один корень, а перекрёсток культур: тюркская, русская диалектная и монгольская версии одинаково правдоподобны, и выбор зависит от того, в какой местности жили предки. Если род из Сибири или Забайкалья — скорее всего, от тюркского или бурятского «болд». Если из центральной России — от прозвища за внешность или характер.