Фамилия Болданюк образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -ук/-юк. Этот уменьшительно-патронимический суффикс характерен для западных областей Украины, Беларуси и юга России — он буквально означал «сын» или «потомок». Соответственно, Болданюк — это «сын Болдана», то есть человека, носившего прозвище Болдан.

Само прозвище Болдан неоднозначно, и у него есть как минимум две версии происхождения. Первая связывает его с диалектным словом «болдан» — так в некоторых русских говорах называют терновник, колючий кустарник из семейства Сливовые. В этом случае прозвище могли дать человеку, у дома которого росло много терновника, или тому, кто промышлял сбором и продажей его плодов. Такие «растительные» прозвища были распространены в крестьянской среде и часто закреплялись за целыми семьями.

Вторая версия отсылает к румынскому языку, что географически объяснимо: фамилия встречается в регионах, граничащих с Молдовой и Румынией. Румынское слово bold означает «булавка», «гвоздь». Тогда Болданом могли прозвать портного (постоянно имеющего дело с иголками-булавками) или строителя (работающего с гвоздями). Есть и более отдалённая версия — от румынского глагола boldi («пялить глаза», «таращиться», «побуждать»), что давало прозвище любопытному, энергичному или непоседливому человеку.

Из двух основных версий первая (от названия растения) выглядит чуть правдоподобнее — она вписывается в общеславянскую традицию прозвищ по окружающей природе, и у неё нет языкового барьера. Но и румынская версия не лишена оснований, особенно если учесть, что фамилия Болданюк бытует в зоне украинско-молдавского пограничья. В любом случае прозвище Болдан относится к «профессиональным» или бытовым именованиям, которые указывали на род занятий или характерную черту предка.