Фамилия Болданкова — женская форма, а мужская — Болданков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Болдан. Такие имена на Руси давали до повсеместного внедрения христианских святцев, и они часто описывали внешность, характер или обстоятельства появления ребёнка.

Корень «болд-» в русских говорах имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «болда» — это шишка, нарост, утолщение. Отсюда прозвище Болдан мог получить полный, грузный человек или тот, у кого была заметная примета вроде шишки. Есть и другая версия: в некоторых областях «болда» означала «глупый, бестолковый человек». Но это слово могло быть и шутливым, необязательно обидным — в деревнях такие прозвища давали без злого умысла, просто как яркую бытовую метку.

Суффикс -ан- в имени Болдан (как в словах «пузан», «толстян») усиливает значение основы: Болдан — это «тот, кто болда», носитель признака. А фамильный суффикс -ков указывает на принадлежность: «сын Болдана». Таким образом, Болданковы — потомки человека по прозвищу Болдан.

Интересно, что фамилия Болданков встречается в основном в центральных и южнорусских регионах, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. В этих краях слово «болда» в значении «шишка» или «кочка» было в ходу, что поддерживает первую версию происхождения. Встречаются и однокоренные фамилии — Болдов, Болдаков, Болдин, но у каждой своя словообразовательная история: например, Болдин может восходить к имени Болда, а Болдов — к прозвищу Болд.

По сословной принадлежности Болданковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия регулярно попадается в ревизских сказках именно среди государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном корне.