Фамилия Болдушенко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, означает «сын» или «потомок»: Болдушенко — буквально «сын Болдуша». Такая форма указывает, что фамилия закрепилась в центральных и восточных областях Украины, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской губерниях, где ареал фамилий на -енко особенно плотный.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Болдуш. Здесь возможны две версии, и обе имеют право на жизнь. Первая: Болдуш — уменьшительная форма крестильного имени Болеслав. В украинской народной среде это имя, пришедшее из польской традиции, могли переделать по законам звуковой экономии: Болеслав → Болдуш. Вторая версия связывает основу с диалектным словом «болд» — в некоторых говорах так называли топор, а «болдуш» могло быть прозвищем лесоруба, плотника или человека грубого, топорного нрава. Такие прозвища по орудию труда — обычное дело в среде ремесленников.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. В украинских метриках встречаются фамилии Болдуш, Болдушевский, Болдушенко — все они восходят к одному корню. Важно, что суффикс -уш- в основе указывает на ласкательную форму, что характерно для украинской антропонимии: так же образованы Климчук от Клим, Грицук от Гриць. Значит, исходное прозвище Болдуш носило скорее бытовой, а не официальный характер — его дали в семье или в общине, а потом оно закрепилось за потомками.

По сословной принадлежности Болдушенко, скорее всего, относились к казацкой старшине или зажиточным крестьянам. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках активно фиксировались в реестрах Запорожского войска и в метрических книгах Гетманщины. Однако точных данных о конкретных носителях в открытых источниках мало — фамилия редкая, не попавшая в массовые справочники вроде словаря Б. Унбегауна. Это типичная локальная фамилия, которая не вышла за пределы своего региона в большую историю, но сохранилась в нескольких ветвях на Украине и в южных областях России.