Фамилия Болишин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного для русских фамилий суффикса -ов или -ев, зато есть -ин, который обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Болишин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Болиша́. Но что скрывается за этим прозвищем?

Самая вероятная версия ведёт к диалектному слову «боли́ша» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли старшего сына, наследника, большого в семье. Сравните: «большак», «большуха». Если в семье был старший брат, его могли прозвать Болишей, а его дети становились Болишиными. Фамилия, таким образом, могла закрепиться за потомками «большака» — главного в роду.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с глаголом «болить» (болеть). В этом случае Болишей могли прозвать болезненного, хилого человека, но такое прозвище редко становилось основой для фамилии — обычно оно не несло позитивного смысла, и его старались не фиксировать. Первая версия выглядит убедительнее: фамилии от обозначения старшинства в семье встречаются часто (Большаков, Старцев, Меньшиков), и Болишин вписывается в этот ряд.

Примечателен и суффикс -ин. В русской ономастике он образует притяжательные фамилии от основ на -а, -я. Болишин — классический случай: прозвище Болиша дало Болишин. Географически фамилия тяготеет к северным регионам России, где диалектное «болиша» было в ходу, а суффикс -ин распространён шире, чем на юге.

Встречается написание через «о» — Болошин, но это уже другая фамилия, возможно, от «болото». Для Болишина корень «бол-» со значением «большой» остаётся основным.