Фамилия Бомонин — редкий случай, когда за основой может стоять как указание на социальный статус, так и географическое название. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень — личное прозвище Бомоня. Именно от него и пошла фамилия.

Самое прямое объяснение прозвища Бомоня — от устаревшего существительного «бомонд» (диалектный вариант «бомон»), то есть «высший свет, верхушка общества». В этом случае прозвище могло указывать на принадлежность предка к привилегированному сословию или, напротив, быть ироничным — даваться человеку, который старался подражать знати. Такая модель (прозвище по социальному положению или манерам) хорошо известна в русской ономастике.

Есть и вторая, менее вероятная, но исторически насыщенная версия. Она связывает фамилию с топонимом Бомон (французское Beaumont). Это название нескольких городов во Франции, в том числе в департаменте Арденны. Именно в районе этого Бомона 30 августа 1870 года произошло сражение франко-прусской войны: Пятый французский корпус потерпел поражение от германских войск и отошёл к Седану, где вскоре капитулировала вся Шалонская армия маршала Мак-Магона. Если принять эту версию, основатель рода Бомониных мог быть уроженцем французского Бомона или долго там жить, а прозвище Бомоня закрепилось за ним как указание на место. В любом случае, обе версии сходятся в одном: фамилия Бомонин образована от прозвища, а не от крестильного имени, что делает её сравнительно поздней и, возможно, не слишком распространённой.