Фамилия Бомонины — редкий случай, когда прозвище могло указывать на принадлежность к высшему свету. В её основе лежит устаревшее слово «бомонд» (диалектный вариант — «бомон»), которое означало «верхушка общества». Прозвище Бомоня, скорее всего, дали человеку, имевшему отношение к привилегированному сословию, либо тому, кто держался с подчёркнутым достоинством, подражая знати.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бомонин — «сын Бомони» или «из семьи Бомони». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае основа — Бомоня, а фамилия закрепилась в форме множественного числа — Бомонины, то есть «род Бомониных».

Есть и другая версия, менее вероятная, но любопытная. Она связывает фамилию с французским топонимом Бомон (Beaumont), что в департаменте Арденны. В 1870 году там произошло сражение франко-прусской войны, после которого французская Шалонская армия отошла к Седану и капитулировала. Если предок Бомониных был уроженцем этого города или подолгу там жил, прозвище Бомоня могло закрепиться за ним по месту прежнего обитания. Однако для славянской фамилии такая топонимическая привязка встречается редко, а связь с «бомондом» выглядит органичнее — она объясняет и социальный оттенок прозвища, и его бытовую логику.

Окончательно утверждать, когда и где именно возникла фамилия Бомонины, можно только после генеалогического исследования: процесс формирования фамилий был долгим, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных регионах.