Фамилия Бонеева — женская форма, мужская — Бонеев. Это отчество второго порядка, образованное от прозвища или мирского имени Боней. Основа здесь — не церковное, а древнерусское или диалектное слово. Скорее всего, в его основе лежит глагол «бонать» или «бонить», который в разных говорах означал «стучать, колотить, бить». Человек, получивший прозвище Боней, мог быть шумным, резким в движениях, плотником или бондарем — тем, кто постоянно стучал молотком. Впрочем, в некоторых областях «боней» называли упрямого, несговорчивого человека, которого «не пробьешь».

Модель образования проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»). Бонеев — сын Бонея, внук человека с таким прозвищем. Схема типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчества закреплялись за потомками и переставали меняться. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь основа заканчивается на согласный или -й, поэтому появляется суффикс -ев.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южнорусским областям, где сохранялись диалектные слова с корнем «бон-». Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также у казачества. В официальных переписях XIX века Бонеевы чаще записаны как государственные крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. Дворянских ветвей с такой фамилией в родословных книгах нет.

Иногда фамилию путают с Бонаевыми или Бондаревыми, но это разные корни. Бондарев происходит от ремесла («бондарь» — бочар), а Бонеев — от личного прозвища. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Бонин, Боняков, Бончуков — все они вышли из одного гнезда прозвищ на «бон-».