Фамилия Бонецкая — женская форма фамилии Бонецкий, и её происхождение почти наверняка связано с географическим названием, а не с личным именем или прозвищем. Характерный суффикс -цк- указывает на то, что фамилия образована по так называемой «польской» или «шляхетской» модели, распространённой среди дворянства и духовенства. Такие фамилии давали по названию родового поместья или места, откуда человек был родом.

Наиболее вероятная основа — топоним Бонец или Боньце. В Польше есть несколько населённых пунктов с таким названием, например, Бонец в Куявско-Поморском воеводстве. Если предок Бонецких владел землёй или жил в таком месте, его потомки получали фамилию по принципу «кто из Бонца» — Бонецкий. В русском контексте такие фамилии часто привозили с собой переселенцы из Речи Посполитой, особенно после разделов Польши, а также представители католического или униатского духовенства.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища Бонец, которое могло быть уменьшительной формой от польского имени Бонавентура или Бонифаций. Однако для фамилий на -цкий/-ская это нетипично: такой суффикс закреплён за территориальным значением. Если бы основой было личное имя, мы бы скорее увидели форму Бонин или Боничев.

В России фамилия Бонецкая встречается редко, сосредоточена в западных регионах и в крупных городах, куда в XIX веке мигрировали польские дворяне и интеллигенция. По социальному происхождению носители фамилии, скорее всего, относились к мелкопоместной шляхте или духовенству — сословиям, которые активно использовали «географические» фамилии. Крестьяне и мещане в массе получили фамилии позже и по другим моделям, так что Бонецкие — это не случайная фамилия, а маркер определённого культурного слоя.