Фамилия Бонецкий звучит на польский или западнорусский манер, и это первая подсказка. Суффикс -цк- (в форме -ский) указывает на шляхетское или дворянское происхождение в Речи Посполитой, либо на позднее образование по той же модели у русских, белорусов и украинцев. Основа фамилии — топоним Бонец или Боньце. Такие названия встречаются в Польше (например, деревня Бонец в Лодзинском воеводстве) и в Беларуси. Человек, получивший фамилию Бонецкий, скорее всего, был либо владельцем такого имения, либо выходцем из него — то есть «тот, кто из Бонца».

Корень «бон» в славянских языках может восходить к древнему слову со значением «граница» или «межа», а также к личному имени Бон (уменьшительное от Бонифаций, Бонифатий). Вторая версия менее вероятна: имя Бонифаций в православной и католической традиции было редким, и фамилия от него скорее приняла бы форму Бонифатьев или Бонифацкий. Географическая привязка здесь убедительнее.

В русском контексте фамилия Бонецкий встречается нечасто и почти всегда указывает на польские или белорусские корни предков. В XIX веке такие фамилии могли получить и крестьяне, которых записывали по названию деревни, но чаще их носили мелкие дворяне (шляхта), чей род был связан с конкретным поместьем. Если смотреть по архивным данным, Бонецкие фигурируют в списках дворян Волынской, Минской и Гродненской губерний.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Бонéцкий, хотя в польском оригинале возможен вариант с ударением на первый (Bóniecki). В русском языке закрепился первый вариант, и это нормально: фамилия обрусела, а её носители давно живут в среде, где действуют правила русской фонетики.