Фамилия Боноева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно разобрать основу «Боно-» и суффикс «-ев», который указывает на принадлежность («чей?» — сын Боноя). Сразу скажем: фамилия не имеет отношения к русскому слову «бой» или «бонна». Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от дохристианского имени или прозвища Боной, которое могло быть производным от тюркского или монгольского корня.

Самая вероятная версия — связь с тюркским словом «бон» (или «бонг»), означающим «крепкий», «прочный», «сильный». В таком случае Боной — это человек с крепким здоровьем, стойкий, возможно, воин. У народов Поволжья и Сибири (татар, башкир, бурят) встречаются имена и прозвища с этим корнем. В бурятском языке, например, есть слово «боно» — «крепкий», «здоровый», что делает фамилию особенно характерной для бурятской ономастики. Суффикс «-ев» в таких фамилиях — результат русской адаптации: когда нерусские фамилии оформляли по стандартной русской модели «отец + -ев».

Менее вероятная, но возможная версия — от имени Боной как варианта канонического имени Вонифатий (в просторечии — Бонифатий). В русских деревнях такие сокращения встречались, но обычно они давали фамилии Бонифатьев или Боняев. Форма «Боноев» для этой версии слишком редка и скорее указывает на иноязычное происхождение.

Встречается фамилия в основном в Сибири и Забайкалье, особенно среди бурят, а также у русских старожилов, которые жили в смешанных с тюркскими и монгольскими народами регионах. Носители фамилии Боноева — это потомки человека по прозвищу Боной, которого так назвали за силу или здоровье, а сама фамилия закрепилась в русской форме при переходе к фамильным именам в XVIII–XIX веках.