Фамилия Боноев — редкий случай, когда основа неочевидна даже для носителя языка. В ней нет привычного корня, связанного с профессией, внешностью или животным. Чтобы понять её происхождение, нужно посмотреть на географию и вспомнить, какие народы издавна живут на юге Сибири.

Скорее всего, фамилия Боноев имеет бурятские или монгольские корни. В бурятском языке есть мужское имя Боно, которое восходит к монгольскому слову «бон» — «шаман», «волшебник», или к «бон» как названию древней тибетской религии, проникшей в Центральную Азию. Таким образом, Боноев — это русифицированная форма патронима «сын Боно». Предок носителя фамилии мог быть шаманом, жрецом или просто человеком, носившим это имя, которое, в свою очередь, указывало на связь с миром духов.

Суффикс «-ев» в данном случае — стандартный русский патронимический формант, который присоединяли к основам, оканчивающимся на согласный, при оформлении фамилий у народов Сибири и Дальнего Востока в XIX–XX веках. Если бы фамилия была исконно русской, основа «Боно» должна была бы иметь славянскую этимологию, но в русском языке такого слова нет. Версия о происхождении от прозвища «Боный» (например, от диалектного «бона» — «высокомерный человек») маловероятна — такие прозвища не фиксируются в исторических документах.

Встречается фамилия Боноев преимущественно в Забайкалье, Бурятии и Иркутской области — регионах, где издавна живут буряты. Это косвенно подтверждает азиатскую версию происхождения. Есть и альтернативное, более прозаичное объяснение: у бурят слово «боно» иногда означало «ячмень» (зерно). В этом случае прозвище Боно мог получить крестьянин, сеявший ячмень, или человек с ячменем на глазу. Но имя собственное Боно как антропоним встречается в бурятских родословных чаще, чем прозвище от названия злака.

Таким образом, фамилия Боноев — это, скорее всего, «сын шамана» или «сын человека по имени Боно». Она не имеет отношения к древнерусскому боярству или ремёслам, а уводит нас в мир кочевых культур и сибирского шаманизма.