Фамилия Бонохова — женская форма, мужская — Бонохов. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Бонох, а ключ к разгадке — в суффиксе -ох-. Такие суффиксы в русских фамилиях встречаются реже, чем -ов или -ин, и почти всегда указывают на прозвищную, а не на крестильную природу имени. Сравните: Болох (от «болото»), Глухо́й — Глухо́х, Лихой — Ли́хох. Суффикс -ох- придаёт основе экспрессивный или уничижительный оттенок, часто шутливый. То есть Бонох — это «тот, кто бонит», если исходить из глагола «бонить» (устаревшее диалектное слово, означавшее «бить, колотить, стучать»). В северных и сибирских говорах «бонить» могло значить также «громко говорить, браниться». Таким образом, Бонохом могли прозвать драчуна, задиру или просто шумного, крикливого человека.

Возможна и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским именем Бонак (встречается у татар и башкир) через адаптацию в русской среде. Но для этого потребовалось бы объяснение перехода «-ак» в «-ох», что нетипично. Поэтому версия с русским корнем «бон-» и суффиксом -ох- выглядит убедительнее.

Географически фамилия Бонохов/Бонохова редкая. Основной ареал — юг России и украинское пограничье (Воронежская, Ростовская области, Краснодарский край). Встречается она и в Беларуси, но единично. Такая локализация косвенно подтверждает диалектное происхождение: глагол «бонить» фиксируется именно в южнорусских говорах.

По социальному составу носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или однодворцев. Суффикс -ох- характерен для прозвищ, которые давали в сельской среде и которые затем закреплялись как фамилии без участия дворянской или духовной традиции (там предпочитали -ов/-ев или -ский). Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители — потомки, вероятно, одной или нескольких родственных семей из одного региона.