Фамилия Бонюхова — женская форма фамилии Бонюхов, а та образована от прозвища Бонюх. Чтобы понять корень, полезно заглянуть в диалекты. В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «боня» или «бонюха» означало «вонючка», «нечистоплотный человек». Это не ругательство в современном смысле, а бытовое прозвище, которое давали неряшливому человеку, тому, кто пренебрегал гигиеной. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «бонеть» — «гнить, портиться, издавать смрад».

Суффикс -ов- указывает на типичную модель русской фамилии: прозвище + патронимический суффикс принадлежности. То есть Бонюхов буквально означал «сын Бонюха». Такая модель была самой массовой в России, особенно среди крестьян и посадских людей, когда фамилии закреплялись в XV–XVII веках.

Географически фамилия редкая. По данным современных баз, носители Бонюховых встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях, а также на Урале. Встречается и вариант Бонюхин — с другим суффиксом, но от того же корня. В некоторых говорах «бонюха» могло быть не прозвищем, а диалектным названием растения (например, дурмана) или рыбы — тогда прозвище могло относиться к человеку, торговавшему или ловившему её.

Другие версии, например, связь с тюркским «бон» (пять) или с именем Бонифатий, выглядят натянутыми — в основе явно лежит русское диалектное слово с конкретным значением. Так что предок носительницы фамилии, скорее всего, получил прозвище за внешность или привычки, а потом его дети стали Бонюховыми.