Фамилию Бонюхов стоит рассматривать не в ряду «Бондарев — Бондарчук», а совсем в другой плоскости. Основа здесь не профессия, а личное имя или прозвище. Самая вероятная версия — происхождение от просторечной формы крестильного имени Вонифатий (от лат. bonifacius — «благодетель», «творящий благо»). В русском быту имя Вонифатий, а затем и его краткая форма Боня, дали целое гнездо фамилий: Бонин, Бонифатов, Бонякин и, с характерным смягчением, Бонюхов.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — связь с диалектным словом «боня» или «бонюха». В некоторых говорах так называли неопрятного, неряшливого человека. Однако эта версия слабее: прозвищный суффикс -юх(а) (как в фамилиях Косюха, Пантюха) чаще образует уменьшительно-ласкательные формы от имён, а не от нарицательных слов.

Обратите внимание на суффикс -ов. Форма Бонюхов говорит о том, что фамилия закрепилась в центральных или южных регионах России, где преобладала притяжательная модель «чей?». Если бы фамилия возникла в северных говорах, она скорее звучала бы как Бонюхин (по типу Ильин, Кузьмин). Так что географически предки Бонюховы — скорее выходцы из средней полосы.

Фамилия редкая, в дворянских родословных книгах не фиксируется. Это значит, что её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В метрических книгах XIX века Бонюховы встречаются в Тамбовской, Рязанской и Пензенской губерниях — глухих чернозёмных местах, где фамилия передавалась без искажений и сохранила свою исходную форму.